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　研究者の権威だった始祖アイオロス（パパオロス?）は、共同研究をしていたカイ（カイのじいちゃん?）を裏切り、全ての研究の権利を自分の物と主張、富と栄誉を独り占めした。
　だが時が経てば経つほど、カイを失ってしまった事を後悔したアイオロスは、残りの人生を全て投げ売り、二人の最適案をコンピューター上でシミュレーションするシステムを構築する。
　自信の遺伝子データと、自分の記憶の中で思い出す限りのカイトをコンピューター内に入力した彼は、肉体が滅んだ今も、電子の世界で、彼が望んでいたベストの理想の人生を未だにシミュレーションし続けている。

　何度も人生の最適案をシミュレーションを続けるうちに、とうとう実際に体験をしたいほどの人生の最適案を見つけたパパオロス?は、理想郷（テッサリア?、内の世界）に、自身の遺伝子を使って作ったクローンを大量に作り、その中で一番優秀だったイオ（ＩＯ−１０）を住まわせ、完璧で理想の人生を歩ませる。
　だが、カイトの孫であるカイが理想郷に進入し、イオに外の世界の存在を教えてしまった事により、イオの自我がだんだんと目覚めていき、パパオロス?の計画は狂っていく。
　と同時に、イオが生まれる前に生み出されてしまった失敗作のクローン（シン）が、イオやそれを取り巻く環境全てに憎悪を抱き、破壊活動を始める。

　三つ巴の末、イオがパパオロス?が与えた人生ではなく、自身で選んだ人生を歩むことを選択。
　これ以上、自分と同じような人生を歩むクローンを産みだしてはいけないと思ったイオは、パパオロス?と対立。
　その後、イオとシンが和解。　イオ、カイ、シンが協力をし、パパオロス?の作り出したシステムを停止。　イオはアイオロスのクローンとしてではなくて、ただのイオとして、カイと共に外の世界で生きる。

　イオはカイとシンと共に、近未来の地球で、色々な人生を歩みます。
外イオ?、イケイオ?、農家イオ?など

　実は今までの事すらも、たった１つのシミュレーションのうちの話だった？
　幾億のシミュレーションを、数百年の時を超えて続けていたパパオロス?は、もはや人知を越えてしまっていた。
　神に近しい存在になってしまった彼のクローン達によって、人類や地球を征服。
　もはや人としての常識や価値観が失われている未来の世界で、次期指導者候補であるイオとシンが争いあう。
　もしかしたら、それすらもシミュレーションの世界なのかもしれない。

　パパオロス?は未だに、自身の一番の人生を決めかねて、シミュレーションを続けている。
　どんな世界で、どんな人生を歩み、どんな性格になるか、イオ、カイ、シンにおいては、全てが正解ともいえる。